トーマス達はフレアウイルスの抗体を有するグレーダーたちの最後の生き残りであった。ヴィンス率いるライト・アームの命令に反して、3人は友人のミンホを救うべく行動を開始した。 若者たちを移送する列車を襲撃し、1両丸ごと強奪する事に成功するが、そこに…

ある日突然、巨大迷路に放り出された若者たち。苦難を乗り越え、出口にたどり着いたトーマスたちは、自分たちを迷宮に放り込んだ謎の巨大組織「WCKD（世界災害対策本部）」と対峙する。 自分たちを救ってくれたと思っていた｢WCKD｣だが、実は“メイズ”は他にも…