ブラウン家の一員として、幸せに生活しているクマのパディントン。 もうすぐ100歳になるルーシーおばさんへの誕生日プレゼントを探していた彼は、骨董品屋ですてきな絵本を見つける。 絵本代を稼ごうと窓ふきのアルバイトを始めるが、洗剤を頭からかぶるなど…

15年前、サムの母親である暗殺者スカーレットは彼女をダイナーに置き去りにして逃亡する。 その後、母と同じ組織で殺し屋として生きるサム(カレン・ギラン)は、ある夜標的の娘であるエミリー(クロエ・コールマン)を保護したことで、組織から追われる身となっ…