ソースに達して精神と身体が分離した状態になったネオは、メロビンジアンの忠実なしもべであるトレインマンが支配する空間に閉じ込められていたが、モーフィアスとトリニティーがオラクルの助言に従ってメロビンジアンのアジトに乗り込み、ネオを解放させる…

自分が暮らしていた世界が実はコンピュータが作り出した仮想現実の世界と知り、モーフィアス率いるゲリラ集団に加わり、やがて人類の救世主として覚醒したネオ。 コンピュータの支配から人類を解放するための闘いを続けるネオとその仲間たちだったが、ある時…