ソコヴィアでのウルトロンとの戦いから約1年後、ヒドラの残党のテロ計画を阻止するため、スティーブ・ロジャース率いるアベンジャーズがナイジェリアの都市ラゴスに出撃する。 計画を阻止されたヒドラはスティーブを道連れに自爆を図るが、それを阻止しよう…

心理療法医のケイトが目覚めると、そこは冷たく光る立方体（CUBE）の中だった。 CUBEを囲む6面の壁にはそれぞれドアがあり、別の部屋へと続いていた。 他の部屋へ入ったケイトは、経営コンサルタントのサイモン、盲目の学生サーシャ、さらには技術者のジェリ…